Народився Сергій Ковтун 21 квітня 1982 року в селі Вишневе, на Пирятинщині. Після закінчення сільської школи у 1999 році, продовжив навчання у Лубенському лісотехнічному коледжі.
Строкову службу у лавах Збройних сил України проходив у прикордонних військах.
Працював у Пирятинському лісгоспі, далі був торговим представником на Лубенських підприємствах, служив у підрозділі охорони Національної поліції.
Добровільно став на захист України у лютому 2023 року.
Загинув молодший сержант Сергій Ковтун 15 січня 2024 року в результаті мінометного обстрілу.